«دو قرن سکوت» نخست به صورت پاورقی در نشریه «مهرگان» ارگان «جامعه لیسانسیه های دانشسرای عالی» چاپ شد. سپس در سال1330 برای نخستین بار به صورت کتاب توسط همان نهاد منتشر شد.
پس از نخستین انتشار در زمان پهلوی دوم، به سرعت چاپ اول «دو قرن سکوت» نایاب می شود. دکتر زرین کوب به تجدید چاپ رضایت نمی دهد تا در فرصت مناسب به تجدید نظر درباره کتاب بپردازد. زرین کوب جوان، پنج سال وقت و انرژی صرف می کند و منابع متعدد را از دیده می گذارند تا در اردیبهشت 1336 متن گسترش یافته و تجدید نظر شده اثر از سوی انتشارات امیرکبیر منتشر می شود. او در مقدمه ویرایش دوم، برخی از انتقادات ویرایش اول کتاب را ناشی از جوانی و تعصب خود در آن هنگام می داند.
از فروردین ۱۳۳۶ متن «دو قرن سکوت» از چاپ دوم به بعد تغییر نکرد و چاپ های بعدی بر پایه همین متن انجام شده است. «دو قرن سکوت» پس از انقلاب بطور رسمی توسط انتشارات جاویدان منتشر شد که هفته بعد از انتشار جمع آوری شد.[نیازمند منبع] سرانجام پس از گذشت بیست سال از پیروزی انقلاب، کتاب «دو قرن سکوت» مجوز چاپ گرفت و انتشارات سخن، چاپ نهم آن را منتشر کرد. در ابتدای این کتاب نقد مرتضی مطهری بر این کتاب -که بخشی از کتاب «خدمات متقابل ایران و اسلام» بوده است- عیناً آورده می شود که به تحلیل های زرین کوب پاسخ داده شده است.