برتری اسلام را باید از محیط سخن به میدان عمل رساند. هر دو هم معتقد بودند بین مرجعیت و حکومت‌داری تفاوت هست؛ اولی رهبری علمی و فقهی و حمایت از جریانات اصلاحی را بر عهده دارد و دیگری سامان زندگی مردم را بر اساس آنچه دین می‌گوید. با همه‌ی شباهت‌های مبنایی، هرکدام نقطه‌ی آغاز را جایی متفاوت می‌دانست. محمدباقر می‌گفت حوزه باید اصلاح شود، تشکیلات علما و روش‌های آموزشی‌اش باید راه دیگری را پیش بگیرد، باید کاری کنند که وقتی کسی از حوزه بیرون می‌رود، نه فقط برای مسلمان‌ها بلکه برای دیگران هم حرفی برای گفتن داشته باشد. از اینجا رهبری دینی را به دست فقهایی که، به طور طبیعی و تدریجی، حیات اجتماعی و سیاسی را به دست می‌گیرند و حکومت اسلامی را بنا می‌کنند ترسیم می‌کرد. اما آقا موسی نظر دیگری داشت؛ اینکه علما باید کنار توده قرار بگیرند تا نیازهای آنها را بشناسند و آن‌وقت مسئله‌های زندگی و هدایت عملی آنها را دست بگیرند. می‌گفت نجف و قم برای چنین کاری مناسب نیستند، باید جایی دیگر را انتخاب کرد تا بشود راه سید جمال‌الدین اسدآبادی را به آخر رساند.

سید محمدباقر او را در آغوش کشید و و در حالی که صورتش خیس اشک بود، با تبسم پرسید:"حبیبی حالا که چهار سال محضر استاد ما را درک کردی، بگو بدانم او اعلم است یا آقای داماد؟" آقا موسی خندید و گفت:"خودت از هر دو نفرشان اعلمی. به مادرم گفته‌ام از تو تقلید کند، سیدی"

می‌توانم از خوردنی و نوشیدنی بگذرم، اما امکان ندارد بتوانم از علم چشم بپوشم. مرا به حال خودم بگذارید. جواب آخر را همان روز داد:"حوزه تنها انتخاب من است."

"فرزندانم، این پول‌ها مال من نیست. مال مردم است که دست من امانت گذاشته‌اند. باید برسانم به صاحبانشان." بعد با صدایی کمی نرم‌تر، انگار که بخواهد موعظه کند، تاکید کرد:"این‌ها دنیا است، آخرت بهتر است و ماندگار"

وقتی بابا پوست موز را در سطل زباله‌ی خانه دید برآشفت. شیخ به خاطر محبتی که به فرزندان او کرده بود بازخواست شد و دم نزد. جعفر صدای مهربان بابا را خوب یادش بود:"پسرم، موز بهشت از این موز بهتر و خوشمزه‌تر است." بارها سفارش کرده بود:"راضی نیستم به هر دلیلی میوه‌ای بخرید که مردم توان خرید آن را ندارند."