مقام معظم رهبری در تجلیل از شخصیت حاج آقا مصطفی می فرمایند سید مصطفی خمینی یکی از شخصیت های بالقوه و بالفعل اسلام بود او شخصیتی همه جانبه داشت و چنین به نظر میرسد که همه ی خصوصیات مثبت در وجود ایشان در حال رشد و ترقی است.بنده ایشان را به عنوان یک چهره برجسته حوزه علمیه قم از سال های قبل می شناختم و تجلیل از مقام و منزلت وی در واقع احترام به حضرت امام و تجلیل از ارزش های اسلامی و انقلابی محسوب میشود.