جلد دوم "المبدا و المعاد" شامل "فن دوم" است که به مسئله "معاد" اختصاص دارد. ملاصدرا در مقاله اول از این "فن" درباره نظم و ترتیب، و کیفیت پیدایش موجودات معادی بحث می کند. وی در مقاله دوم، به تبیین فعلیت زندگی پس از مرگ و نوع حیات در جهان واپسین برمی آید؛ سپس در مقاله سوم، با زبانی عرفانی و با استفاده از قرآن و روایات، دیدگاه نظری و فلسفی خود را تشریح می کند. مقاله چهارم از این کتاب نیز به موضوعاتی همچون نبوت، امامت و ولایت اختصاص یافته است.