مسجد آبـی در سـه فصل «مقدمات و انگیزه‌ها»؛ «اقـدامـات و خـاطـره‌هـا» و «پرسش‌ها و پاسخ‌ها» تدوین شده‌است. در فصل نخست، شهید بهشتی از چرایی و چگونگی قبول مسئولیتشان و مختصری نیز از سفر خود به هامبورگ می‌گویند.
فصل آخر مربوط به زمانی است که به ایـران بازمی‌گردند و با پرسش‌های مردم و خبرنگاران و بازجویی‌های سـاواک دربـارۀ سفرشان به آلمان و قبول بار سنگین امامت مسجد مواجه می‌شوند.
فصل میانه، که اصلی‌ترین فصل کتاب است، اقدامات و خاطرههای ایشان را شامل می‌شود که در مدت پنج سال و دو ماه، در آنجا مشغولیت داشته‌اند. اصلی‌ترین بخش این فصل گزارشی است از فعالیت‌های مرکز اسلامی که در دوازده عنوان بیان شده‌است. ذیل هرکدام از سرفصل‌های اقدامات نیز خاطره‌ها و پیام‌هایی به بیان و قلم ایشان آمده‌است.