مرشد و  مارگریتا، داستان عاشقانه‌ای که در دل ادبیات سوررئالی که بولگاکف خلق کرده است جریان دارد؛ اما بولگاکف شرح این عاشقی را داستان نکرده است. قبل از هر چیزی برای حرف زدن از جهان داستانی خلق شده، باید تاریخی که مسکو را در قلم بولگاکف، زیر سلطه شیطان در آورده است را خوب بدانیم.
این رمان در زمانی نوشته شد که در روسیه، حکومت کمونیستی بر سر کار آمده بود و از این رو فشار زیادی بر اهل قلم وجود داشت؛ چرا که قلم محکم‌ترین سد بود و پر خشاب‌ترین اسلحه! کلمه به کلمه‌ای که به رشته تحریر نویسنده‌ای چون بولگاکف در می‌آمد، می‌توانست گلوله گلوله باشد، بر تن حکومت کمونیست! از این رو، نوشتن، تاوان داشت. نویسنده یا باید خشابش را خالی می‌کرد و در جهت اهداف حزب کمونیست تحریر می‌کرد و یا اینکه تاوان گلوله به گلوله‌ای که روی کاغذ می‌آورد را با شکنجه و زندان و تبعید، پس می‌داد.
اما داستان، روایت عاشقانه محض نیست، داستان ورود ولند به مسکو و آنچه از حضور او در آنجا رخ می‌دهد را بازگو می‌کند. ولند همان نیروی اهریمنی، شیطان است که در داستان بولگاکف به همراه سه دستیار خود به نام‌های عزازیل، بهیموت و کروویف، وارد مسکو می‌شود و آشوبی که از حضور ولند و دستیارهایش در مسکو برپا می‌شود، در واقع تلاشی برای کنار زدن نقاب دروغینی است که تمام مسکو را پوشانده و پشت آن «حقیقت» محبوس مانده است. حکومت شوروی این باور را اشاعه می‌داد که تنها راه درست، راهی است که حکومت آن را بیان می‌کند و باقی راه‌ها مسیری سنگلاخ و اشتباه هستند، بولگاکف با وارد کردن ولند به مسکو که نماد شوروی است، سعی در نمایان کردن چهره عریان حقیقت دارد. اما شروع داستان از اینجا نیست، شروع داستان از خیابان‌های مسکوست که میزبان قدم‌های برلیوز و بزدمنی است؛ برلیوز نویسنده‌ای مشهور است که سردبیری یکی از مجلات مهم ادبی و مدیریت یکی از محافل ادبی را بر عهده دارد و هم‌قدم او جوان شاعری به نام بزدومنی است. بزدومنی که سفارش شعری ضد مذهب از برلیوز گرفته است، خیابان‌های مسکو را قدم در کنار برلیوز قدم می‌زند و صحبت از ماجرای به صلیب کشیدن مسیح است که برلیوز به کل منکر آن است. ورود ولند به داستان از همین جاست که آن‌ها با ولند که در لباس پروفسوری ظاهر می‌شود برمی‌خورند؛ ولند که جذب ماجرای بحث این دو شده صحبت را پیش می‌گیرد و در خلال صحبت‌هایش مخاطب با «مرشد» که در فصول بعدی داستان  وارد می‌شود، آشنا می‌شود. ولند مرگ زودهنگام برلیوز را چنان دقیق پیش‌گویی می‌کند که هر چند برلیوز تلاش به فرار از این پیش‌گویی می‌کند، در آخر دقیقا به همان شکلی که ولند بیان کرده بود، می‌میرد.
شبی در خیابان‌های مه‌آلود مسکو مشغول قدم زدنی و ناگهان مرگ یقه‌ات را می‌گیرد، درست وقتی انتظارش را نداری و آماده استقبال از او نیستی؛ چون مهمانی سرزده وارد زندگی‌ات شده و آن را در چشم به هم زدنی ویران می‌کند. این ماجرا، چنان بزدومنی را به وحشت می‌اندازد که رهسپار راه جنون می‌شود، شهر را می‌دود تا به همگان بگوید که شیطان در مسکو رخنه کرده و در این مسیر به رودخانه مسکو افتاده و حال هر چه فریاد زند که شیطان در خانه گریبایدوف (محل تجمع شاعران روسی) است، کیست که حرف مجنونی را باور کند؟! ولند، برلیوز را راهی مرگ می‌کند و بزدونی، شاعر جوان بیچاره را، راهی جنون! 
اما تمام کتاب شرح ورود ولند و آشوب‌هایش به مسکو نیست؛ در واقع بولگاکف سه داستان را به صورت موازی باهم پیش می‌برد تا جایی که شخصیت‌های قصه‌ها به یکدیگر می‌رسند. بزدومنی در آسایشگاه روانی متوجه کسی می‌شود که در اتاق کناری او ساکن است و شخصی نحیف و بیچاره می‌نماید؛ ما به عنوان مخاطب همراه کنجکاوی‌های بزدومنی می‌شویم و این شخص را باز می‌شناسیم؛ مرشد نیز اسیر ولند شده و همچون بزدمنی در آخر گرفتار جنون گشته است؛ مجنونی که هر چه فریاد زده مجنون نبودنش کسی نشنیده است. 
داستان مرشد در دل دو داستان دیگر جاریست و یکی از این دو همان ماجرای مصلوب شدن مسیح است. اما بولگاکف ماجرا را کاملا متفاوت از آنچه در انجیل آمده است، روایت می‌کند؛ در این داستان، پیلاطس از بی‌گناهی مسیح آگاه است، اما با این حال حکم به تصلیب او می‌دهد. در واقع این پیلاطس نیست که حکم را صادر می‌کند، بلکه قدرت حکم می‌کند که صلاح چیست و همین قدرت است که چنان دست و پای پیلاطس را بسته که چاره‌ای جز حکم دادن به تصلیب مسیح ندارد. شوروی نیز در این دوره چنان دست و پای مردم را با مادیات بسته است که انسان‌ها را از اصل معنا دورتر و دورتر می‌کند.
عاشقانه مرشد و مارگریتا از دل همین ماجراها پیدا می‌شود. در پایان رمان، ولند با کمکی که به مرشد و مارگریتا برای به هم رسیدن می‌کند، مخاطب را به این نتیجه می‌رساند که اگرچه در آغاز ولند نماینده شر بوده است، اما مخاطب از کارهای او از جمله کمک او به مرشد و مارگریتا درمیابد که در واقع ولند، نماینده خیر بوده است. 
بولگاکف بیان می‌کند که حکومت شوروی خود شیطانی است که مردم را زیر گام‌های لجن قدرت له می‌کند و آنها را از معنای زندگی دورتر و دورتر می‌کند. در این بین باید ولندی باشد تا سایه قدرت را کنار بزند و آن را به سخره بگیرد. بولگاکف همچنین شاعران روسی این دوره را، نگهبانان حکومت شوروی معرفی می‌کند؛ چرا که می‌بینیم بزدومنی با افتادن در رودخانه مسکو از گذشته خود پاک شده و فریاد می‌زند که شیطان در خانه گریبایدوف ساکن است. 
در واقع بولگاکف به خوبی دنیای قدرت را تصویر می‌کند که در آن مسیح، بی‌گناه به صلیب کشیده می‌شود و مرشد که در مقابل فساد حکومت ایستاده، در آخر مجنون شده و راهی تیمارستان شده و همان جا این دنیای کثیف قدرت را وداع گفته است. اما در دنیای حقیقت ولند پرده سیاه و چرک قدرت را کنار می‌زند و با کمک او، مرشد به همراه معشوق خود، مارگریتا به پایانی که لایق آن بود، می‌رسد.