«اخلاق دین شناسی» را از آن رو که نخستین کتاب در گونه‌ی خود یعنی «معرفت‌شناسی مدرن روش اجتهاد شیعی» است، نمی‌توان با اثر دیگری مقایسه کرد ولی اگر تنها در لایه‌ی روش و به‌سان یک اثر معرفت‌شناسانه، در معنای فراگیر آن، به آن بنگریم  نیز نوشته‌ای درخشان و پر نقش و نگار و موشکافانه است.
        

          اخلاق دین شناسی در مقام اثباتِ این مسئله بر آمده که انسان شناسی بر اسلام شناسی تقدم دارد. به طور کلی دین را به همان معنای خاص کلمه یعنی "شریعت" به کار می‌برد و مقصود از اخلاق دین شناسی می‌شود اخلاق شریعت شناسی یا اخلاق اجتهاد. در این کتاب به مجموعه‌ای از ارزش‌ها و هنجارهای معرفت شناسانه می‌رسیم که راهنمای اجتهاد یا پژوهش و تفکر فقهی قرار می‌گیرند. نویسنده بر این باور است که پیروی کردن از این ارزش‌ها و هنجارهای معرفت شناسانه در مقام کسب معرفت و توجیه باورها، وظیفۀ اخلاقی ما انسانها است. بنابراین معرفت شناسی باور یا همان اخلاق باور نوعی اخلاق است. یعنی با توجه به هر هنجار معرفت شناسانه، هنجاری اخلاقی وجود دارد که بیانگر مسئولیت اخلاقی ما در جایگاه رسیدن به معرفت و پذیرش باورهاست. همچنین راهنمای فعالیت‌های ارادی و اختیاری ذهن ما قرار می‌گیرد. دین هم از جمله همین باورهاست.
فصل‌های این کتاب روایت‌های معرفت شناسانه را با توجه به دو دیدگاه در رابطۀ دین و اخلاق بررسی می‌کند. موضوع اصلی در اینجا رابطۀ «منطقی» و «معرفت شناسانه» دین و اخلاق است. رابطه دیگر رابطه فقه و اخلاق می‌باشد که یکی از مسائل فلسفه فقه به شمار می‌رود. البته مبانی علم فقه در علوم مختلفی چون اصول فقه، کلام، رجال و درایه مورد بررسی قرار می‌گیرد. اما رابطه دین و اخلاق از جمله موضوعاتی است که هم در علم کلام و هم در علم اصول فقه مورد بحث واقع شده است. تا آنجا که این بخش با روش فلسفی پیش برود ما با فلسفۀ فقه سر و کار خواهیم داشت.
جلوتر که می‌رویم می‌خوانیم که چگونه نزاع سنت و تجدد در کشورهای در حال توسعه مطرح می‌باشد. این نزاع در جهان اسلام به صورت نزاعی بین فقه سنتی و اخلاق سکولار یا اخلاق فرادینی جلوه‌گر می‌شود. حتماً یکی از ارکان مهم مدرنیته رکن اخلاقی آن است و این را تا حد زیادی مدیون تحولی است که در اخلاق آدمیان و یا دیدگاه‌های آنان نسبت به سرشت و ماهیت اخلاق صورت گرفته. به هر حال نهادهایی وجود دارند از قبیل قوه قضاییه، رسانه‌های جمعی آزاد، دولت دموکراتیک و پاسخگو و... که همگی برپایه اخلاق مدرن و فرادینی بنا شده‌اند و بر اساس قواعد اخلاقی اداره می‌شوند. اگر هم کارکرد مطلوبی دارند، آن را مرهون رعایت اصول این اخلاق هستند.
در ادامه سوالی که مطرح می‌شود این است که چگونه می‌توان میان "خدا" و "حقوق بشر" را جمع کرد؟ سنت گرایان (کسانی که بر تقدم دین بر اخلاق معتقدند) می‌گویند حق خدا مطلق است و حقوق بشر از اراده تشریعی خداوند یعنی از اوامر و نواهی انتزاع می‌شود. یعنی این حقوق، اعتباری و قراردادی است نه طبیعی.
در یک نگاه کلی، فصل اول کتاب به موضوع نشاندن فقه به جای اخلاق می‌پردازد و نشان می‌دهد که چرا و چگونه در فرهنگ و تمدن اسلامی، عقلِ عملی تعطیل گردیده و "فقه" جایگزین اخلاق اجتماعی شده است. فصل دوم به فقه و چالش‌های عصر جدید می‌پردازد. در این فصل روش تحقیق در فقه سنتی به خاطر بی توجهی به موضوع شناسی مورد نقد قرار گرفته است. فصل سوم عقلانیت مدرن و عقلانیت سنتی را مقایسه می‌کند. فصل چهارم تفاوتهای عقلانیت فقهی و عقلانیت عرفی را بیان می‌دارد و فاصله این دو را نشان می‌دهد. در فصل‌های بعدی، نظریه‌های مدرنیته‌ای و فقه سنتی ارائه می‌شوند تا مورد نقد و بررسی قرار گیرند و در نهایت، فصل آخر، به تفکیک ذاتیات و عرضیاتِ شریعت یا تفکیک ظرف از مظروف و یا تفکیک دین تاریخی از دین فراتاریخی پرداخته می‌شود. در این فصل دوازده معیار مختلف برای تفکیک ذاتیات از عرضیات یا تفکیک ظرف از مظروف در قلمرو فقه عنوان می‌شود.