فردای آن شب، اسدی، نایب التولیه‌، چند تن از ماموران آستانه را برای تنظیف مسجد گوهرشاد و محو آثار کشتار به مسجد فرستاد. برای اینکه مردم آن صحنه های دلخراش را نبینند، جلوی هر در سربازی مستقر شده بود و به احدی اجازه جلو آمدن نمی داد. تا چند روز نظافت مسجد ادامه داشت. فرش ها آغشته به خون بود. در و دیوار پر از اعضای بدن اشخاص بود. دست و پای جدا شده، گوش و بینی در محوطه مسجد به قدری بود که در چندین گونی جای دادند و به همان قبرستان بردند.