کتاب حاضر، داستانی است که در آن جزیره ای اسرارآمیز، یتیم خانه ای متروکه، مجموعه ای غریب از یتیم هایی خاص و ویژه است. همه این ها در خانه «خانم پرگرین برای بچه های خاص» در کنار هم آمده و داستانی فراموش نشدنی می سازند که با قصه و تصاویرش خواننده را در معرض تجربه ای غریب قرار می دهد. با آغاز داستان، یک تراژدی وحشتناک خانوادگی، جیکوب شانزده ساله را عازم سفری به جزیره ای دوردست در ساحل ولز می کند؛ جایی که با خرابه های خانه  خانم پرگرین برای بچه های خاص مواجه می شود. جیکوب، در حال کشف راهروها و اتاق خواب های قدیمی اقامتگاه، متوجه می شود که بچه های خانم پرگرین، چیزی بیش از انسان هایی خاص و عجیب بوده اند. شاید خطرناک هم بوده اند. شاید به دلایلی منطقی در چنین جزیره دورافتاده ای قرنطینه شده بودند. و شاید: باوجوداینکه منطقی به نظر نمی رسد، هنوز زنده باشند.