کتاب ۲جلدی ولایت الهیه به عنوان اولین کتاب برای شروع آشنایی با مبانی آیت الله میرباقری به مبحث ولایت پرداخته است. نوع نگاه ایشان به ولایت صرفا محدود به مباحث کلامی نیست.اجمال بحث ایشان در نیمی از کتاب ذیل آیات نور و آیت الکرسی و با توجه به روایات این است که توحید محدود به توحید در خلقت نیست بلکه آن توحیدی که برای ما لازم است توحید در پرستش و به تعبیری تولی به ولایت الهیه و تسلیم بودن به ولایت الهیه است و این از همه خواسته شده است و چون اهل بیت در تولی تام به ولایت الهیه گوی سبقت بردند در ظرف وجودی خودشان مجاری ولایت حق بر همه عالم شدند بنابراین ولایت آنها از شئون توحید و جز ارکان توحید است و حقیقت دین هم چیزی جز تولی به این ولایت و تبری از ولایت اعدائشان نیست. چه در حوزه فردی چه در حوزه اجتماعی و در عرصه های فردی اجتماعی و تاریخی.
        

          من از این کتاب عاشق پیامبر(ص) شدم. توضیح جایگاه ایشون و نسبتی که هر کدوم از ما با این نور وجودی داریم توی این کتاب بسیار شیوا و روان اومده. 
یه جمله‌ی زیبا از کتاب:(نقل به مضمون) 
تمام مخلوقات با سجده‌ی پیامبر اعظم به خدا سجده‌ می‌کنن و عبادت می‌کنن.