یک شب پس از یک جلسه خسته کننده تله‌پاتی نشسته بودیم و صحبت می‌کردیم. پرسیدم چرا زبان کیمیاگران اینقدر مبهم و پیچیده است؟ استادم گفت:«سه دسته کیمیاگر است. کسانی که مبهم می‌گویند چون نمی‌داند چه می‌گویند، آنانی که مبهم می‌‎گویند چون می‌دانند چه می‌گویند اما می‌دانند که زبان کیمیاگری زبانی است که با دل و نه با عقل، سخن می گوید». پرسیدم و دسته سوم کدام است؟
«کسانی که هرگز درباره کیمیاگری سخن نمی‌گویند اما در طول زندگی خود موفق می‌شوند حجر کریمه را کشف کنند» و بدین ترتیب استادم که از دسته سوم بود تصمیم گرفت درباره کیمیاگری به من درس بدهد.
کیمیاگری در واقع فرایند تبدیل یک فلز کم‌ارزش به فلزی ارزشمند مانند طلاست. از کیمیاگری به عنوان نشانه‌ای برای تغییر سانتیاگو و حرکت به سمت ماموریت و هدف شخصیش استفاده شده است. این نماد به قدری اهمیت دارد که عنوان کتاب را به خود نسبت داده است. در کیمیاگری باید فلز پایه همۀ ناخالصی‌های خودش را از دست بدهد تا به حالت تکاملی برسد. به این ترتیب، سانتیاگو هم باید در این راه همۀ ناخالصی‌هایش را رها کند، مانند تمایل به پذیرفته‌شدن نزد خانواده‌، تمایل به زندگی به‌عنوان چوپانِ ثروتمند و حتی تمایل به زندگی در کنار فاطیما. او خودش را از این تمایلات خلاص کرد تا بتواند ماموریت شخصیش را انجام دهد و به مرحلۀ بالاتری برسد.
در آغاز داستان کیمیاگر زمان به عقب باز می‌گردد و در نقطۀ اکنون، خواننده همسفر سانتیاگو می‌شود. از این به بعد سیر و سلوک شروع می‌شود و در این سیر و سلوک نباید به گذشته نگریست و اکنون را از یاد برد. بنابراین هر گاه چوپان جوان نیازمند تجربه‌های پیشین است از عبارت «به یاد آور» استفاده می‌شود. یعنی شخصیتِ داستان در اکنون می‌ماند و گذشته تنها یاوری برای اکنون است. نویسنده در این داستان از انتقال زاویه دید بسیار استفاده کرده است.
یادگرفتنِ مهارت کیمیاگری، دقیقاً مانند حرکت در جهت دسترسی به ماموریت شخصی است. کیمیاگر به سانتیاگو می‌گوید، همۀ کتاب‌هایی که درباره مضامین کیمیاگری نوشته‌اند، فقط این کار را پیچیده‌تر می‌کنند. در حقیقت تمام اسرار کیمیاگری در لوح کوچک زمرد وجود دارد و این اسرار را نمی‌شود با کلمات بیان کرد. دقیقاً به همین ترتیب، راه‌های رسیدن به هدف شخصی هم گفتنی نیست و کلمه‌ای برای آن‌ها وجود ندارد. فرد باید غریزۀ خودش و چیزهایی که از روح جهان در خودش دارد، ارائه دهد. سانتیاگو در نهایت با گوش‌دادن به روح جهان، با همۀ طبیعت از جمله باد و خورشید ارتباط برقرار می‌کند و به حالت بالاتر می‌رسد.
رویای تکرارشونده در ذهن سانتیاگو، جوان چوپان ماجراجوی اندلسی می‌گذرد. هروقت سانتیاگو زیر درختی که در کنار کلیسا روییده می‌خوابد، این رویا را می‌بیند. در رویایش، بچه‌ای به او می‌گوید که پای اهرام ثلاثه مصر گنجی را جست‌و‌جو کن. سانتیاگو برای تعبیر خوابش پیش زنی کولی می‌رود و کولی در کمال تعجب به او می‌گوید که به مصر برود.
پیرمردی عجیب و جادویی به اسم ملشیزدک که ادعا می‌کند پادشاه سالم است، حرفِ زن کولی را تکرار می‌کند و به سانتیاگو می‌گوید که این ماموریت شخصی (حدیث خویش) توست و باید به سمت اهرام حرکت کنی. ملشیزدک سانتیاگو را متقاعد کرد که گله‌اش را بفروشد و راهی تانگیر شود. زمانی که سانتیاگو به تانگیر رسید دزدی همۀ پول‌هایش را برد. به همین دلیل برای پیداکردن کار پیش تاجر کریستال رفت. تاجر محافظه‌کار و مهربان به سانتیاگو درس‌های زیادی داد و سانتیاگو را تشویق کرد که وارد ریسک تجارتش شود. ریسک‌ها جبران می‌شوند و سانتیگو در عرض یک سال ثروتمند می‌شود.
سانتیاگو تصمیم می‌گیرد ثروتش را به پول نقد تبدیل کند تا برای انجام ماموریت شخصیش به سفرش ادامه دهد. او به کاروانی می‌پیوندد که از راه صحرا به سمت مصر می‌رفت و آنجا با مردی انگلیسی آشنا شد که در حال تحصیل در زمینه کیمیاگری بود. در طول سفر از مرد انگلیسی مطالب زیادی یاد می‌گیرد و در راه این سفر، سانتیاگو به نسخۀ بهتری از خودش تبدیل می‌شود.