«پارادوکس مارکسیسم اسلامی» دومین جلد از مجموعه‌ی «کتابخانه‌نقد الهیات سیاسی» به قلم محمد قوچانی است قوچانی در جلد اول این مجموعه به بازخوانی متون، آثار و آرای پروتستانتیست‌های مسلمان با تمرکز بر مذهب شیعه پرداخت و نشان داد که چگونه اندیشه‌ی احیاگری به اصلاح‌طلبی و اصلاح‌طلبی به بنیادگرایی ختم شد. وی در آن‌جا گفت که در نزاع سنت‌گرایی و تجددخواهی، جریان سومی پدیدار شد که از بازگشت خشونت‌آمیز به سنت دفاع می‌کرد و گرچه داعیه‌ی اصلاح داشت اما در دام ارتجاع افتاد. اما بنا بر پژوهش او «پروتستانتیسم اسلامی» پس از این سرنوشت‌ِ تراژیک وارد مرحله‌ای تازه از حرکت سیاسی و فکری خود شد. پروتستان‌های مسلمان که ماهیتی محافظه‌کارانه داشتند و از ایده‌ي بازگشت دفاع می‌کردند، در گذار از اندیشه به عمل دریافتند که نیازمند سلاح هستند و به قول محمد حنیف‌نژاد از قرآن سلاح بیرون نمی‌آمد؛ بدین ترتیب مرز میان مارکس و لوتر را برداشتند و از پروتستانتیسم به مارکسیسم عبور کردند.
«مارکسیسم اسلامی» به زعم قوچانی آغاز سازه‌ای ناساز بود، چراکه به نوشته‌ي وی در مبانی میان (کارل) مارکس و حضرت محمد (ص) نسبتی نبود. چندی گمان می‌رفت دشمنان و منتقدان اسلام برای تحقیر مدافعان آن این ترکیب را ساخته‌اند، اما قوچانی در این کتاب نشان می‌دهد که «مارکسیسم اسلامی» گرچه پارادوکس است اما در واقعیت وجود داشته است.
این کتاب از حزب توده آغاز می‌کند اما درباره‌ی حزب توده نیست. قوچانی این کتاب را بر نفوذ عمیق فکری و سیاسی مارکسیسم در روشن‌فکران دینی و غیردینی ایران بنا نهاده و در سه فصل به استناد آرا و آثار، این نفوذ را نشان داده است:
اول - «نفوذ فرهنگی مارکسیسم» در ایران در اندیشه‌های فلسفی و حتی دینی و نیز آثار ادبی و هنری، که با وجود حذف حزب توده، آثار آن در نیم قرن اخیر در فرهنگ و اندیشه‌ی اسلامی ایران وجود دارد و به شکل نقد لیبرالیسم هنوز زنده است.
دوم - «نفوذ اقتصادی مارکسیسم» در ایران در اندیشه‌های اقتصادی و اجتماعی که به صورت نقد سرمایه‌داری حیات خود را آغاز کرده و هنوز ادامه می‌دهد و با اندیشه‌هایی چون اقتصاد آزاد، بخش خصوصی و بورژوازی در جنگ است.
سوم - «نفوذ سیاسی مارکسیسم» در ایران به خصوص در نقد نظام پارلمانی و در دفاع از انقلاب و مبارزه‌ی اجتماعی و خیابانی که گرچه از مارکسیسم کلاسیک و مبارزه‌ی طبقاتی فاصله دارد و حتی نوعی انحراف در آن تلقی می‌شود، اما زاده‌ی نامشروع مارکسیسم است.
در بحث اول به مطالعه‌و نقد نشریات حزب توده‌ی ایران و نهادهایی مانند «کانون نویسندگان ایران» و «شورای نویسندگان و هنرمندان» و نشریاتی مانند مجله‌ی «دنیا» پرداخته می‌شود. البته در این مبحث نه فقط از توده‌ای‌هایی مانند احسان طبری، که از نفوذ مارکسیسم در آرا، آثار و اعمال روشن‌فکرانی مانند احمد شاملو نیز سخن به میان می‌آید.
در بحث دوم، مطالعه‌از ماقبل حزب توده شروع شده و نفوذ سوسیالیسم و اقتصاد دولتی نه‌تنها در روشن‌فکران که حتی در برخی روحانیان نشان داده‌شده است. بدیهی است که داوری قوچانی در این مبحث به گفته‌ی خودش درباره‌ی همه‌ی روشن‌فکران و روحانیان نیست و در جلدهای چهارم و پنجم «کتابخانه‌نقد الهیات سیاسی» به روشن‌فکران و روحانیانی که به نقد تفکر چپ پرداخته‌اند توجه خواهد کرد.
در بحث سوم نیز به بررسی موردی دو تجربه‌ی بیژن جزنی و محمد حنیف‌نژاد پرداخته می‌شود، بنیان‌گذاران دو سازمان تروریستی فداییان خلق و مجاهدین خلق. آن‌چه قوچانی در این‌جا به آن پرداخته توضیح سیر عبور از پروتستانتیسم به مارکسیسم و از مارکسیسم به تروریسم است.
قوچانی تاکید دارد که این کتاب درباره‌ی حزب توده، فداییان خلق، مجاهدین خلق یا حتی درباره‌ی مارکسیسم هم نیست، بلکه در باب «مارکسیسم اسلامی» است؛ حلقه‌ای مفقوده از نهضت «پروتستانتیسم اسلامی» که به ظهور «لویاتان اسلامی» منجر شد (در جلد سوم مجموعه‌ی نقد الهیات سیاسی به آن می‌پردازد) و پرداختن به همه‌ی افراد و احزاب در آن تنها با این هدف‌گذاری قابل فهم است. به عقیده‌ی او مارکسیسم اسلامی هنوز در میان ما زنده است، چه در جناح چپ و چه در جناح راست اسلامی؛ و نه یک موضوع انتزاعی و تاریخی که یک داستان واقعی و جاری است...