پاتوق زیرزمینی ما: طوفان بزرگی در شهر کوچک کنعان آمده و خرابی زیادی به بار آورده است. برق قطع‌شده، شاخه‌های درختان و شیشۀ پنجره‌ها شکسته و سقف‌های زیادی آسیب دیده‌اند. چهار دوست کلاس هشتم به نام ایوان، جیسون، میچل و سی جی صبح روز بعد از طوفان به جنگل می‌روند. ایوان یک غریبه به نام ریکی را هم با خود آورده است ریکی، تازه‌ وارد شهر و مدرسه آن‌ها شده است و هنوز هیچ دوستی ندارد و کسی هم تمایل ندارد با او دوست شود. پسرها باهم به‌سمت پاتوق محقرشان می‌روند که با وسایل دورریز ساخته‌اند ولی طوفان آن را نابود کرده و چیزی از آن باقی نگذاشته است.

در این حین، ریکی پناهگاه مرموزی پیدا می‌کند که در یک پناهگاه قدیمی است و توسط طوفان از زیر خاک بیرون آورده شده است. پسرها وارد پناهگاه می‌شوند و در کمال تعجب می‌بینند که مجهز به آب، برق، غذاهای کنسروشده و حتی وسایل سرگرمی مثل ویدئو فیلم‌های قدیمی است. آن‌ها متوجه می‌شوند که پناهگاه را مرد ثروتمند کارخانه‌داری به نام بنت دیلامر در طول جنگ سرد، برای فرار از حمله قریب‌الوقوع هسته‌ای ساخته است. او سال‌ها پیش فوت کرده و حالا پسرها خود را صاحب پناهگاه می‌دانند اما می‌ترسند که اگر دیگران بفهمند پناهگاه را از آن‌ها بگیرند؛ لذا باهم هم‌قسم می‌شوند که راز پناهگاه را پیش هیچ کسی لو ندهند.

بعد از مدتی پسرها به پناهگاه وابسته می‌شوند و لحظات فراغت و تفریح خود را در این مکان می‌گذرانند. هرکدام از آن‌ها در زندگی واقعی مشکلی دارد که برای فرار از آن به پناهگاه می‌آید. باوجود صمیمیت زیاد بین پسرها، در مورد مشکلات شخصی خود باهم صحبت نمی‌کنند و هرکدام رازی با خود دارند که بر شانه‌هایشان سنگینی می‌کند. درواقع پناهگاه مکان امنی است که آن‌ها در برابر قلدری و دروغ، مشکلات و ترس‌هایشان حفظ می‌کند؛ اما آن‌ها نمی‌توانند این راز را پنهان نگه دارند و بالاخره راز پناهگاه مخفی افشا می‌شود…

هر فصل داستان پاتوق زیرزمینی ما را یکی از پسرها روایت می‌کنند. لحن کتاب شوخ و گرم است و تلاش می‌کند که در عین مطرح کردن مشکلات جدی نوجوانان، تلخ و گزنده نباشد و روحیه امید را در مخاطب زنده نگه دارد. این کتاب تلاش می‌کند که به نوجوانان اهمیت دوستی و همیاری را نشان دهد و به آنان آموزش دهد که هنگام برخورد با مشکلات بزرگ حتماً از دیگران درخواست کمک کنند.