حوزه دین نیز از شرایط پیش آمده مستثنا نیست و طبیعتاً این نسل پرسشگر، متعامل و پرهیجان، بی محابا سؤالات و نقدهای خود را مطرح می کنند و در انتظار پاسخ های علمی، معتبر و مستند و قانع کننده می نشینند. از همین رو، مسئولیت اندیشمندان و نخبگان دین پژوهان و عالمان دین در این برهه بسیار سنگین و حساس است، به ویژه اگر در گذشته، درهرقرن با چند سؤال و مسئله جدید در حوزه دین روبرو می شدند، اکنون در هرسال با صدها سؤال و ابهام و شبهه در این حوزه روبرو هستند.