مهم ترین و مشهورترین کتاب سید اسماعیل جرجانی، ذخیره خوارزمشاهی است که به زبان فارسی تألیف شده است. این اثر دربردارنده یک دوره کامل طب نظری و عملی است که در سال 504 هجری قمری تألیف و به قطب الدین محمد خوارزمشاه تقدیم شده است. ذخیره دایره المعارفی دربردارنده تمامی دانش های مرتبط با پزشکی است. اثر پیش رو دربردارنده بخش داروسازی ذخیزه خوارزمشاهی است.