ناروتو با بدجنسی‌های اصلاح‌ناپذیر خود در حال تمرین برای نینجاشدن است. او با شیطنت‌های وحشیانه‌ی خود، هم‌تیمی‌هایش را سرگرم می‌کند. درواقع ناروتو درمورد یک چیز بسیار مصمم است: تبدیل‌شدن به بهترین نینجای دنیا!
ناروتو اوزوماکی دوازده سال پیش دهکده‌ای که در بین برگ‌های درختان مخفی شده بود، مورد حمله‌ی وحشیانه‌ای قرار گرفت و روح یک روباه نه‌دم، جان رهبر دهکده، هوکاگه، و سایر ساکنان آن را گرفت. امروز دهکده در آرامش است و یک پسربچه‌ی دردسرساز در حال آموزش‌ نینجاشدن و فارغ‌التحصیلی از آکادمی نینجا است. هدف او این است که مانند هوکاگه شود، اما سرنوشت واقعی او پیچیده‌تر از این است و ماجرا از همین‌جا شروع می‌شود.