کتاب حاضر، داستانی است که در آن  در روز ۲ سپتامبر ۱۹۴۰ کودکان خاص از دست ارتشی از هیولاهای مخوف فرار کردند و تنها کسی که می توانست به آن ها کمک کند، در هیئت یک پرنده گیر افتاده بود. سفر عجیبی که در کتاب خانه خانم پرگرین برای بچه های خاص آغاز شد، به سوی لندن ادامه یافت. جیکوب پورتمن و دوستان جدیدش به سمت پایتخت افراد خاص در دنیا رفتند با این امید که درمانی برای خانم مدیر عزیزشان بیابند. اما شگفتی های فراوانی در گوشه و کنار این شهر جنگ زده در کمین آن ها نشسته بود و جیکوب، پیش از آنکه دوستانش را به نقطه  امنی برساند، باید درباره عشقش به اما بلوم تصمیم می گرفت.