ماجرای اصلی این فیلم نامه بدین قرار است: در یک شهر قدیمی آلمان، "دکتر کالیگاری" متخصص هیپنوتیزم، از طریق مردی به نام "سزار" ـ که بیماری راه رفتن در خواب دارد و می تواند پیش گویی کند ـ مرگ دانشجویی را پیش بینی می کند. پس از آن، دانشجو به قتل می رسد و سزار که مظنون اصلی است از دست مردم شهر می گریزد و در پایان، بر اثر خستگی می میرد. در همین حال، کالیگاری هم فرار می کند. اما این پایان داستان نیست، زیرا مشخص می شود تمام فیلم از زبان "فرانسیس" که دیوانه ای در بیمارستان است، تعریف می شود.