استاد مهدی محقق در طول خدمات پنجاه ساله ی علمی ـ دانشگاهی خویش، جز تعلیم و تدریس، مدیریت انجمن استادان زبان و ادب فارسی و انجمن آثار و مفاخر فرهنگی را برعهده دارند و شاید مهم ترین خدمات ماندگار علمی ایشان تاسیس دو مراکز علمی باشد که عبارت اند از: شعبه ی مطالعات اسلامی دانشگاه مک گیل در تهران، نیز موسسه ی مطالعات اسلامی وابسته به دانشگاه تهران. از جمله اقدامات آثار ایشان عبارت اند از: هم قلمی با دایره المعارف اسلام، عضویت در مجمع بین المللی تاریخ پزشکی و فرهنگستان اسلامی هند نیز مجمع علمی زبان  عرب دمشق، و سرانجام عضویت در فرهنگستان های زبان و ادب فارسی و فرهنگستان علوم پزشکی (گروه تاریخ پزشکی اسلامی) و نیز همکاری و مشورت علمی با دایره المعارف تاریخ پزشکی در ایران و اسلام، هم چنین ایشان آثاری اعم از تالیف، تدوین و تصحیح و ترجمه دارند که تعداد آن ها بالغ بر بیش از یکصد جلد است. دومین شماره از مجموعه ی "محقق نامه" به معرفی رساله های دکترایی اختصاص یافته که به وسیله ی دانشجویان استاد مهدی محقق فراهم آمده است. عناوین برخی از این رساله ها  عبارت اند از: "بهار، شاعر سیاست پیشه/ احمد سمیعی گیلانی"، "شرح نکاتی از مثنوی/ سید جعفر شهیدی"، "ابیات تازه ای از کسایی/ علی اشرف صادقی"، "پیشنهادی در سبک شناسی، ادب فارسی/ کوروش صفری" و بحثی درباره ی بلاغت/ محمد علوی مقدم".