در دفتر دوم از کتاب «پاسخ به شبهات کلامی» در دو بخش و 10 فصل در رویکرد کلامی -  فلسفی به پاسخگویی شبهات مطرح در حوزه دین، وحی، نبوت و بعثت پیامبران پرداخته می شود. در این راستا به طور موضوعی مباحث «خاستگاه دین»، «دین و خشونت»، «وحی و تجربه دینی»، «فلسفه نسخ شریعت»، «ظهور پیامبران در مناطق مختلف» و ... مورد بررسی قرار می گیرد.