سفر اعجاب انگیزی که از کتاب «بچه های عجیب و غریب خانم پرگرین» آغاز شده بود با سفر «جیکوب پورتمن» و دوستان تازه اش به سمت لندن ادامه پیدا می کند. جیکوب، قصد دارد پس از مشخص شدن رابطه اش با «اما بلوم» 10 بچه عجیب و غریب را از چنگال هیولای مرگ بار نجات بدهد. این ماجرا در سوم سپتامبر سال 1940 رخ  می دهد. اما تنها یک نفر می تواند به جیکوب کمک کند که خودش در جسم یک پرنده محبوس شده است و ...