مظفر الدین شاه در سوم فروردین ماه سال 1232 در تهران به دنیا آممد.وی چهارمین فرزند ناصرالدین شاه و فرزند شکوه السلطنه بود؛اما چون دو برادر بزرگ ترش در خردسالی در گذشتند و مادر برادر سوم یعنی مسعود میرزا ظل السلطان از خانواده شاهی نبود،جانشینی را از آن خود کرد. 4 ساله بود که به سوی رضا قلی خان هدایت به آذربایجان فرستاده شد و یک سال بعد به جانشینی رسید.مظفرالدین میرزا پس از برگزیده شدن به جانشینی بر پایه رسوم قاجار،که از زمان فتحعلی شاه رایج بود،به پایتخت دوم ایران ،تبریز،فرستاده شد.دوره جانشینی مظفرالدین شاه سه برابر دوره پادشاهیش به درازا کشید.