چارچوبِ تحلیلی ِ مظفر اقبال در تحلیل رابطه میان اسلام و علم، متفاوت از چارچوب های تحلیلیِ رایج در جهان مسیحی است. اقبال در پیشگفتار کتاب می نویسد که معمولاً رابطه علم و دین را با «الگوی دو عنصری» تحلیل می کنند. در این الگو که علم و دین را دو عنصر متمایز از هم در نظر می گیرند. اقبال معتقد است این الگو از رابطه میان علم و مسیحیت برخاسته و به اشتباه به تمامیِ ادیان بسط یافته است. بسیاری از آثاری که درباره تاریخ علم یا تاریخ رابطه علم و دین نوشته شده و می شوند، با این الگو به تحلیل تاریخ نشسته اند.