منظومه فکری مجموعه ای نظام مند، متشکل از اجزا و عناصر مرتبط و هدفمند، با محوریت هسته مرکزی، در عرصه نظام بینشی، منشی و کنشی است. نظام بینشی می تواند دارای زیرنظام های متعددی از جمله نظام های معرفت شناختی، خداشناسی، انسان شناختی، ولایت شناختی، اسلام شناختی، جهان شناختی، جامعه شناختی و...باشد. نظام منشی و رفتاری بیانگر بایدا و نبایدهای ارزشی، اعم از اخلاقی، تربیتی، معنوی و ...است.نظام کنشی و اجتماعی نیز دربردارنده هست و نیست ها و بایدها و بایدهای اجتماعی است.مجموعه نظام های سیاسی، اقتصادی، مدیریتی، قضایی، دفاعی-امنیتی و... از اجزای نظام کنشی و اجتماعی محسوب می شوند.
این تحقیق نشان می دهد که منظومه فکری امام،بیانگر گفتمان و جریان فکری-فرهنگی ویژه ای است که هم ادامه دهنده گفتمان فکری علمای گذشته است و هم با رویکرد اجتهادی به مسائل معاصر می پردازد. محوریت و هسته مرکزی این منظومه، «توحید» است و دربردارنده سه نظام بینشی و منشی و کنشی است، نظام کنشی یا اجتماعی بر اساس اهداف اجتماعی یعنی آزادی،استدلال، عدالت، پیشرفت و تمدن تدوین شده است. این تحقیق درصدد است تا به مخاطب نشان دهد که منظومه فکری امام از نظامی هماهنگ برخوردار است؛ به گونه ای که اجزای آن یک کل نظام مند را تشکیل می دهند.