عروسک‌های جادویی ناخدا داستانی شاعرانه و لطیف به قلم نویسنده‌ی برنده‌ی جایزه، کیت دی‌کامیلو، است درباره‌ی پنج عروسک خیمه‌شب‌بازی که سر از یک کشتی اسرارآمیز در آورده‌اند.
پنج دوست، پنج عروسک خیمه‌شب‌بازی، در کشتی رازآلودی حبس شده‌اند و رویای آزادی در سر دارند. می‌خواهند مسیرشان را پیدا و راهشان را در دنیا باز کنند، ولی همگی می‌دانند بخشی از یک قصه‌ی بزرگ‌تر هستند و دست تقدیر به هم نزدیکشان کرده است.
عروسک‌ها سر از اتاق دو خواهر کوچک در می‌آورند و می‌فهمند تقدیری که انتظارش را می‌کشیدند، همین حالا فرا رسیده است.