سورۀ مبارک فرقان پر از شبهاتی است که نسبت به قرآن کریم و پیامبر اسلام صلی‌الله‌علیه‌وآله‌وسلم دربارۀ وحی وارد شده است. این مسئله انسان را به فکر فرومی‌برد که علّت این‌همه اصرار بر نفی حقانیت قرآن کریم و رسول مکرم اسلام صلی‌الله‌علیه‌وآله‌وسلم چه بوده است. حکایت این بهانه‌گیری‌ها، در سراسر قرآن کریم وجود دارد و این در حالی است که قرآن کریم کتابی جاودانی و جهانی است؛ بنابراین امروز نیز اگر وظیفۀ خود را در قبال قرآن کریم انجام دهیم، با این شبهات و اشکال‌تراشی‌ها مواجه خواهیم شد.خداوند در این سوره، در پاسخ به نمونه‌هایی از این شبهه‌افکنی‌ها، از قرآن کریم و پیامبر خود دفاع می‌کند و مسیر صحیح یکتاپرستی را ترسیم می‌فرماید.