در جلد دوم از کتاب «اعجاز فلسفی قرآن» با استفاده از روش های برهانی، پدیدارشناسی، هرمنوتیک فلسفی و تحلیل زبانی، برداشتی فلسفی از اعجاز بودن قرآن کریم ارائه می شود. مباحث کتاب به موضوعات دین تشریعی و تکوینی، حواس باطنی، تجلی های خداوند در هستی، توجیه مسئله شر در کلام الهی، وحدت ارگانیکی عالم، امور تکوینی و اعتباری و... اختصاص یافته است.